تقع أحداث لعبة جراند ثفت أوتو 3: النسخة النهائية في مدينة ليبرتي، التي تم إنشاؤها مع وضع نيويورك في الاعتبار. تنقسم ليبرتي إلى جزيرتين - جزيرة بورتلاند وجزيرة ستاونتون؛ كما تؤثر موقع المدينة على اليابسة، التي تسمى شواطئ فالي. كل جزء من أجزاء المدينة الثلاثة يختلف عن الآخر في العمارة ووسائل النقل المتاحة والعصابات الإجرامية التي تتحكم في مناطق معينة. يتم التواصل بين أجزاء المدينة باستخدام الجسور المعلقة ومترو الأنفاق والأنفاق تحت الأرض.
الفترة الزمنية للعبة جراند ثفت أوتو 3: النسخة النهائية تعتبر 2001. الشخصية الرئيسية هي مجرم صامت يُدعى كلود (لم يتم ذكر اسمه في اللعبة نفسها). تم القبض عليه وإدانته أثناء محاولته سرقة بنك. شريكته، فتاة تُدعى كاتالينا، قامت بخيانته، تاركة إياه بعد السرقة. أثناء نقل السجناء، يتم مهاجمة موكب الشرطة. مستغلًا هذه الفرصة، يهرب كلود وسجين آخر يُدعى إيت-بول (8-ball). يجدون غرفة قذرة في إحدى المناطق الفقيرة، والتي تصبح ملاذ كلود الأول في هذه المدينة الكئيبة.
مع تقدم اللعبة، سيتعين على كلود مقابلة العديد من المجرمين الآخرين، بما في ذلك زعماء الجريمة من مختلف الرتب والمستويات. من الجدير بالذكر أن العديد من الشخصيات من جراند ثفت أوتو 3: النسخة النهائية ظهرت بطريقة أو بأخرى في الألعاب اللاحقة في السلسلة: توني سيبرياني، أحد أعضاء عائلة ليوني الذي يعطي المهام لكلود، هو الشخصية الرئيسية في جراند ثفت أوتو ليبرتي سيتي ستوريز؛ كاتالينا، التي خانت كلود، تظهر كشخصية ثانوية في جراند ثفت أوتو سان أندرياس، بالإضافة إلى كلود نفسه، الذي يظهر في عدة مقاطع فيديو لفترة قصيرة للغاية.
النوع الذي تم صنع جراند ثفت أوتو 3: النسخة النهائية فيه، أو بالأحرى مزيج من الأنواع، يتضمن حرية الحركة في جميع أنحاء موقع كبير (بالمناسبة، لأول مرة في السلسلة، تم تنفيذ تغييرات سلسة في وقت اليوم وتغييرات ديناميكية في الطقس) وإكمال مهام مختلفة تعطي الشخصية الرئيسية شخصيات ثانوية. بالإضافة إلى المهام الرئيسية التي تدفع القصة، تحتوي اللعبة على العديد من المهام الإضافية والاختيارية، مثل الفرصة للعمل بدوام جزئي كسائق تاكسي.
يتم التنقل في الموقع ليس فقط بمساعدة الأقدام، ولكن أيضًا بالسيارات (يوجد منها 50 سيارة في اللعبة) والقوارب (أربعة منها). هناك أيضًا طائرة واحدة في اللعبة، والتي، وفقًا لإجابات المطورين، تم صنعها أكثر كنوع من المزاح؛ عند إنشاء لعبة عن السيارات وإطلاق النار، لم يعتقد المؤلفون أن اللاعبين سيكونون مهتمين بوسيلة نقل طائرة بشكل جدي. ظهرت الدراجات النارية والدراجات الهوائية والمروحيات في الأجزاء التالية، ولكن من الجدير بالذكر أن المعجبين حاولوا تنفيذ هذا النقل في جراند ثفت أوتو 3: النسخة النهائية بأنفسهم.
مجموعة الأسلحة ذات الحجم المثير للإعجاب تتيح لك إطلاق النار بفعالية على أعضاء العصابات المعادية، أو، إذا كان أي شخص يفضل، على السكان العاديين. علاوة على ذلك، هذه هي الجزء الوحيد من جراند ثفت أوتو الذي تم فيه تنفيذ تقطيع الأجساد — تطير الأطراف من الناس بطريقة كارتونية عندما يطلق كلود النار عليهم بمسدس. هذا ناهيك عن الحقيقة أنه في GTA 3: The Definitive Edition يمكن للاعب بحرية، بعد سرقة سيارة من مواطن مسالم أو غير ذلك، أن يندفع على الرصيف، دافعًا جميع المارة في طريقه. في الوقت الحاضر، لا ترى أي شخص يستخدم مثل هذه العنف في الألعاب، وليس من الواضح ما إذا كان ذلك جيدًا أم سيئًا، ولكن في وقت ما تسببت هذه اللعبة في الكثير من الضجة والفضائح، وكانت شركة روكستار تحاول عمومًا خلق صورة مثيرة للجدل لنفسها.